新能源工程中心实验室组建于2009年，建设面积约1500平方米，包含7个实验室和1个展示厅，分别是风力发电测试实验室、风光互补发电实验室、光伏发电系统实验室、风电机结构实验室、新能源仿真实验室、新能源控制实验室、智能微电网实验室和新能源展示厅等。设备总值约345万余元，主要设备共计260多台套，主体设备有永磁发电机综合测试平台、双馈异步风力发电实验系统、风场综合测试平台、风光互补发电实训系统、太阳能电源技术应用装置、风电机组工程仿真软硬件实验系统、多种型号风力发电机主机、可编程控制器实验箱、10kW风力发电机系统、2kW分布式光伏发电系统、2kW风力发电系统、光伏发电跟踪系统、储能电池管理系统、50kVA储能变流系统、无缝切换快速开关柜、微电网接入中央测控柜、微电网系统测控柜、模拟负荷投切控制柜、远程微电网电力监控调度系统及多规格控制逆变器等。
新能源工程中心实验室是新能源科学与工程专业的实验教学中心，为相关专业课程《风力发电原理与应用》、《风电机组装配与调试》、《风电机组设计软件》、《风电机组故障诊断及检修》、《光伏材料学基础》、《光伏发电技术》、《光伏组件制造及应用》、《智能电网技术》、《光伏发电系统的设计与应用》、《网络组态控制技术》及毕业设计等提供实验（实训）场所，同时也为师生科研和创新活动提供硬件支持与技术服务。
新能源工程中心实验室依托该中心实验室申报并获批江苏省新能源实验（实训）基地、江苏省风力发电技术研究开发中心、江苏省高等教育人才培养模式创新实验基地、江苏省新能源装备及其应用重点建设专业（群）、南通市风力发电装备制造高技术重点实验室、南通市“3+3”新能源及新能源汽车重点产业政产学研协作基地、南通理工学院光伏技术研究所、南通理工学院科技创新与服务地方团队等。本工程中心实验室教师利用实验设备已获得省级研究项目四项、市级研究项目五项、主编教材七本、发表论文五十余篇、申报各类课题二十余项、授权发明或实用新型专利二十余项，指导学生参加市级以上赛事并获奖十余项。